1. Totius Doctrinae de Generatione et Corruptione, de Caelo et Mundo et Anima Compendiosa Tractatio iuxta mentem Doctoris Angelici Divi Thomae Aquinatis (1727. Esta obra es el volumen IV de la "Summa Philosophica" que el Padre Maestro Fray Andrés Sierra había dejado incompleta).
2. In Ioannem a Cruce Labyrinthus. Este Laberinto es una composición poética latina que escribió con ocasión de las fiestas de la Canonización de San Juan de la Cruz (en 1727, cuando lo celebraron los Frailes, o en 1728 cuando lo hicieron las Monjas Carmelitas).
3. Theologia Scholastica Iuxta Principia Scholae Augustiniano-Thomisticae. Compuso 5 vols., y dejó varios borradores con el fin de escribir un sexto. (entre 1732 y 1738).
4. Oración fúnebre a la feliz memoria del Rvdmo. P. Maestro Fray Francisco Avilés. Provincial de los Ermitaños de San Agustín. Madrid, 1734.
5. Clave Historial. (1743). Con esta obra, se abre la puerta a la historia eclesiástica y política, cronología de los papas y emperadores, reyes de España, Italia y Francia con los orígenes de todas las monarquías, concilios, herejes, santos, escritores y sucesos memorables de cada siglo. Se hicieron 16 ediciones antes de 1817. Fue delatada por un médico sardo al santo Tribunal de la Inquisición, sin consecuencias.
6. Mapa de todos los sitios de batallas que tuvieron los Romanos en España. (3 ediciones : la primera en 1745, y la segunda y tercera en 1774). Contiene la descripción historial y cronológica de los sucesos y nombres antiguos de todas las provincias, de las fuerzas de estos reinos y de lo costosa que fue su conquista. Está impreso en un pliego de folio grande, con un mapa de España en medio grabado a buril.
7. España Sagrada. Su título real es : Teatro Geográfico-Histórico de la Iglesia de España. Origen, Divisiones y Límites de todas sus Provincias. Antigüedad, Translaciones y estado antiguo y presente de sus Sillas en todos los dominios de España y Portugal con varias disertaciones críticas para ilustrar la Historia Eclesiástica de España. Los distintos tomos aparecieron desde 1747 hasta 1774 y 1775, cuando se publicaron los dos últimos tomos respectivamente, el XXVIII y el XXIX, escritos por el Padre Flórez.
TOMO I. (1747). Contiene una clave geográfica y geografía eclesiástica de todos los patriarcados.
TOMO II. (1747). Cronología de la historia antigua de estos reinos.
TOMO III. (1748). Predicación de los Apóstoles en España.
TOMO IV. (1749). Último de la Iglesia en común.
TOMO V. (1750). De la provincia cartaginense en particular.
TOMO VI. (1751). De la Santa Iglesia de Toledo en cuanto Metropolitana.
TOMO VII. (1751). De las Iglesias sufragáneas antiguas de Toledo.
TOMO VIII. (1752). De las Iglesias sufragáneas antiguas de Toledo.
TOMO IX. (1752). De la Provincia antigua de la Bética en común y de la Santa Iglesia de Sevilla en particular.
TOMO X. (1753). De las Iglesias sufragáneas antiguas de Sevilla.
TOMO XI. (1753). Contiene las Vidas y Escritos, nunca publicados hasta hoy, de algunos Varones Ilustres Cordobeses que florecieron en el Siglo IX.
TOMO XII. (1754). De las Iglesias sufragáneas antiguas de Sevilla.
TOMO XIII. (1756). De la Lusitania antigua en común y de su Metrópoli Mérida en particular.
TOMO XIV. (1758). De las Iglesias de Ávila, Caliabria, Coria, Coimbra, Ebora, Egitania, Lamego, Lisboa, Osonoba, Pacense, Salamanca, Viseo y Zamora.
TOMO XV. (1759). De la Provincia antigua de Galicia en común y de su Metrópoli, la Iglesia de Braga en particular.
TOMO XVI. (1762). De la Santa Iglesia de Astorga en su estado antiguo y presente.
TOMO XVII. (1763). De la Santa Iglesia de Orense.
TOMO XVIII. (1764). De las Iglesias Britoniense y Dumiense, incluidas en la actual Mondoñedo.
TOMO XIX. (1765). Contiene el estado antiguo de la Iglesia Iriense y Compostelana hasta su primer Arzobispo.
TOMO XX. (1765). Historia Compostelana, hasta hoy no publicada.
TOMO XXI. (1766). Contiene la Iglesia de Porto, de la Galicia antigua, desde su origen hasta hoy.
TOMO XXII. (1767). De la Iglesia de Tuy, desde su origen hasta el Siglo XVI.
TOMO XXIII. (1767). Continuación de las memorias de la Santa Iglesia de Tuy.
TOMO XXIV. (1768). Parte Primera. La Cantabria.
TOMO XXIV. (1769). Parte Segunda. Antigüedades Tarraconenses.
TOMO XXV. (1770). Contiene las Memorias antiguas eclesiásticas de la Santa Iglesia de Tarragona.
TOMO XXVI. (1771). Contiene el estado antiguo de las Iglesias de Auca, de Valpuesta y de Burgos.
TOMO XXVII. (1772). Contiene las Iglesias Colegiales, Monasterios y Santos de la Diócesis de Burgos.
TOMO XXVIII. (1774). Contiene el estado antiguo de la Santa Iglesia Ausonense, hoy Vique.
TOMO XXIX. (1775). Contiene el estado antiguo de la Santa Iglesia de Barcelona.

8. Elogios del Santo Rey Don Fernando III (1754). Después de los Elogios, en la p. 26, siguen las Tablas de las Hégiras o Años Árabes.
9. Modo Práctico de tener Oración Mental. Tratado ascético-místico que se imprimió en 1754 acompañando Los Suspiros de San Agustín que había compuesto un religioso de la misma Orden, como apéndice que salió con tantas erratas que se tuvo que retirar de la venta. Se reimprimió en 1760.
10. Medallas de las Colonias, Municipios y pueblos antiguos de España. (2 vols. : el 1º en 1757 y el 2º en 1758). Más tarde, el autor publicó un tercer volumen titulado : Medallas de las Colonias, Municipios y pueblos antiguos de España, hasta hoy no publicadas, con las de los Reyes Godos, 1773. Los tres vols. constituyen el primer Tratado de Numismática que se publicó en España. El escritor francés Mr. Pellerin en su obra de numismática en ocho vols. dice que la obra del Padre Flórez "es la mejor que en la materia se ha dado al público, compuesta de notas y disertaciones juiciosas y sabias a que podrá añadirse poco de medallas y menos de observaciones".
11. Memorias de las Reinas Católicas. Historia Genealógica de la Casa Real de Castilla y de León. (dos vols., 1761). Es su obra más literaria.
12. Utilidad de la Historia Natural. Es un discurso dedicado a Su Alteza Real el Príncipe de Asturias Don Carlos, más tarde Carlos IV. Méndez lo recogió y lo publicó en su biografía.

TRADUCCIONES :

1. Vindicias de la Virtud y Escarmiento de Virtuosos, escrita por el portugués Fray Francisco de la Anunciación de la Orden de los Ermitaños de San Agustín y doctor de la Universidad de Coimbra. Traducida por Don Fernando de Setién Calderón de la Barca. Dos vols en cuarto, 1742.
2. Obras Varias y admirables de la Madre María donde Ceo. Religiosa franciscana y Abadesa del Convento de la Esperanza de Lisboa, traducida de la edición portuguesa e ilustrada con breves notas por el Doctor Don Fernando de Setién Calderón de la Barca. Dos tomos en octavo, 1744.
3. Trabajos de Jesús, escritos en portugués por el agustino Fray Tomé de Jesús estando cautivo y preso en Berbería y traducidos por Fray Enrique Flórez. Dos vols en cuarto, 1763.
4. Delación de la doctrina de los intitulados Jesuítas sobre el dogma y la moral, hecha a los señores Arrzobispos y Obispos de Francia, traducida al español por el Doctor Don Fernando Huidobro y Velasco. En cuarto, 1768.

OBRAS AJENAS PUBLICADAS BAJO LA DIRECCIÓN DEL PADRE FLÓREZ :

1. Viaje de Ambrosio de Morales, por orden del Rey Don Felipe II a los reinos de León y Galicia y Principado de Asturias. 1765.
2. De Formando Theologiae Studio Libri IV collecti ac restituti per R. P. M. Fr. Laurentium a Villavicentio.
3. De Sacris Concionibus.
4. Sancti Beati, Presbyteri Hispani Libanensis, In Apocalypsim. 1770. La Exposición del Apocalipsis por San Beato, sacerdote de Liébana, había estado oculta por el polvo y carcomida por la polilla y fue sacada a la luz por el Padre Flórez.

MANUSCRITOS
[tras la muerte del Padre Flórez se encontraron en su celda diversos manuscritos : unos pocos terminados, otros dimidiados y otros apenas esbozados ; pero casi todos desaparecidos durante la Guerra de la Idependencia. Se tiene memoria de los siguientes :]

1. El Libro de los Libros y Ciencia de los Santos, en doctrinas de verdades eternas para avivar la fe. Es un libro formado por pláticas espirituales, disquisiciones y exhortaciones ascético-místicas dedicadas a personas selectas y religiosas a quienes dirigía el Padre Flórez por el camino de la perfección.
2. Tratado de la Santa Iglesia de Lugo. Por orden, correspondería al Tomo XXI de la España Sagrada, pero por alguna razón no lo pudo acabar. De este manuscrito sacaría más tarde el P. Risco el tomo XL.
3. Tratado de la Santa Iglesia Ilerdense. También se encontró un pequeño esbozo del Tratado de la Santa Iglesia de Zaragoza.
4. Siglo I de la Iglesia.
5. Genealogía de los Césares.
6. Respuesta o impugnación al Fanal Cronológico.
7. Intentos y prevenciones sobre la reducción del alfabeto de las letras desconocidas que se usó entre los españoles antiguos antes del dominio de los romanos.
8. Delación hecha al santo Tribunal de la Inquisición sobre los días angélicos de N. P. San Agustín, contra los Padres Luis de Molina, Cornelio a Lápide y el P. Arriaga.
9. Dictamen pedido y dado al Ilmo. y Rvdmo. Señor el P. Francisco de Rávago, sobre si convendría imprimir los Códices góticos conciliares que están en el Real Monasterio del Escorial.
10. Dictamen pedido y dado al Real y Supremo Consejo de Castilla sobre el método de censurar los libros.
11. Geographi Veteres Graeci et Latini qui res Hispaniae Memoriae tradidere. Recoge la geografía antigua de España.

POESÍA

1. Se recoge en Distichorum, Lyricorum, Epigrammatum, Heroicorum. Opera Fr. Henrici Flórez, Agustiniani. Las más importantes son :
a. Qualis sit Princeps ?, composición en exámetros, 90 versos ;
b. Una composición dedicada a Santo Tomás de Villanueva en yámbicos senarios y cuaternarios ;
c. Una elegía a la muerte del mismo santo en dísticos (exám. y pentám.).
d. Un himno en loor de San Juan de la Cruz en estrofas tetrásticas asclepiádeas de tres asclepiádeos y un glicónico ;
e. Poema bilingüe con palabras a la vez latinas y castellanas con idéntica significación en honor de la Universidad de Alcalá en ocho octavas reales.

BIBLIOGRAFÍA SOBRE EL PADRE FLÓREZ

- Campos y Fernández de Sevilla, Javier. Enrique Flórez, la pasión por el estudio. (Editorial Revista Agustiniana, Madrid, 1996).
-Feijóo, Fray J. Benito (benedictino), Cartas Eruditas (en la Carta XXXII de las mismas, dice que "en la lectura de las obras del P. Flórez 'hallé un estilo noble, elegante, puro, igualmente grave, conceptuoso y elevado que natural, dulce y apacible ; un entendimiento claro que consigo lleva la luz que es menester para romper las densas nieblas de la antigüedad ; una crítica fina y delicada que en fiel balanza pesa hasta los átomos de las probabilidades ; una veracidad tan exacta que llegaría a pecar de escrupulosa, si en esta virtud cupiera nimiedad ; un genio felizmente combinatorio que hace servir la variedad y aun el encuentro de las noticias, al descubrimiento de las verdades ; una destreza tal para colocar en orden todas estas noticias, que la multitud queda muy fuera de la confusión'." (p. 195 de la biografía de Martínez Cabello).
-Félix García/Luis Morales Oliver/Pedro Sáinz Rodríguez. El Padre Flórez. (Academia Universitaria Española, Alcalá, 93, Madrid, 1975).
-Martínez Cabello, Gregorio. Biografía del Rvdmo. Padre Maestro Fray Enrique Flórez (Editado por la Diputación Provincial de Burgos, 1973).
-Méndez, Francisco. Vida, escritos y viajes del Rvdmo. Padre Maestro Fray Fray Enrique Flórez (Madrid, RAH, 1860, imprenta de José Rodríguez, C/ del Factor, 9).
-Menéndez Pelayo, Marcelino. Historia de los Heterodoxos españoles (Ed. B.A.C. -Bilioteca de Autores Cristianos ( ?)-, Madrid, páginas 12-14).

OBRAS COMPLETAS (tal y como aparecen en el Capítulo XIII, páginas 170 y siguientes, de la Biografía del Rvdmo. Padre Maestro Fray Enrique Flórez, por el Padre Gregorio Martínez Cabello (Editado por la Diputación Provincial de Burgos, 1973)